Основной целью экспертной группы лаборатории исследований среды и мониторинга антропогенного воздействия является экологический мониторинг водных объектов рыбохозяйственного значения и оценка воздействия различных видов хозяйственной деятельности на водные биологические ресурсы и среду их обитания.

Сотрудники группы участвуют в комплексных научно–исследовательских работах по изучению рек и прибрежных вод,  в том числе для оценки качества условий воспроизводства и нагула тихоокеанских лососей, обследованию качества нерестилищ, измерению гидролого-гидрохимических показателей, отбору проб воды, донных отложений, кормовой базы ВБР. Все работы проводятся в тесном взаимодействии с другими подразделениями института, что позволяет получить комплексный результат.

Одной из важных задач группы является изучение последствий техногенного воздействия (в том числе после аварийных разливов нефти) на водные объекты рыбохозяйственного значения.

Так, в Сахалинской области за период с 2004 г. произошло три аварии, в результате которых произошли утечки нефтепродуктов. В 2004 г. сел на мель земснаряд "Христофор Колумб" напротив г. Холмск в 50 метрах от берега, что привело к выбросу 280 тонн нефтепродуктов в акваторию моря. В 2012 г. произошла серьезная авария танкера "Каракумнефть" у Курильских островов, в результате которого в океан вылились сотни тонн дизельного топлива. И в ноябре 2015 г. во время шторма в районе порта г. Невельск было выброшено на мель нефтеналивное судно "Надежда", в результате аварии произошла утечка дизельного топлива - 65 м³ и мазута – 73 м³. Во всех случаях проводили оценку возможного влияния разливов на и среду обитания ВБР. Особенно тщательно исследовали последствия последнего разлива, как в литоральной зоне, так и в морском прибрежье.

Деятельность лаборатории осуществляется в соответствии с нормативными документами Российской Федерации в области охраны водных биоресурсов и среды их обитания (в том числе системой стандартов по наилучшим доступным технологиям). Лаборатория снабжена необходимой нормативной, справочной, методической (в том числе электронной информационной справочной системой) литературой, специальными экологическими программами для оценки воздействия и приборной базой.