Лаборатория аквакультуры беспозвоночных и водорослей создана в 2017 г. для решения прикладных задач по изучению биологии беспозвоночных и водорослей на шельфе и в прибрежной зоне Сахалино-Курильского региона. Исследования лаборатории направлены на выявление динамики их количественных характеристик и пространственного распределения, а также влияния на них абиотических и биотических, в том числе антропогенных, факторов среды.

Важным направлением работы является разработка биотехник разведения гидробионтов в естественных условиях; оценка сырьевых запасов промысловых объектов, а также методы их рационального использования; подготовка рекомендации по промыслу беспозвоночных и водорослей.

В рамках деятельности института проводятся исследования, направленные на выяснение особенностей воспроизводства приморского гребешка в лагуне Буссе и на полигонах залива Анива, с целью разработки рекомендаций по культивированию моллюска для рыбоводных хозяйств.

В распоряжении лаборатории имеется оборудование, необходимое для сбора материалов в полевых условиях, – моторные лодки, GPS-навигаторы, гидрологические зонды, фотокамеры с функцией подводной съемки. Помещения для камеральной обработки проб оснащены электронным, флуоресцентным, стереоскопическими световыми микроскопами Olympus, Nikon, МБС–10 с цифровыми фотонасадками, позволяющими выводить изображение на мониторы ПК и вести фото- и видеосъемку; весами Sartorius.